カリスマロックアーティスト、ブレイク。彼はリハビリ施設を抜け出し、一人森の中を彷徨っている。そのまま森の中で野宿し、翌朝、廃屋のような屋敷に辿り着く。そこは彼の家。彼の家には、彼の才能、名声、金に群がる連中が常に居候していた。しかし、誰も彼のことを真に見ようとはしない。
彼の家には様々な人が訪ねてくる。彼は周りから逃げるように家を出る。そして夜。誰もいなくなった家で、彼は”Death to Birth”を演奏する。それは彼の魂の叫びだった…。
人類はコンピュータが支配する地下に広がる世界で、精神抑制剤を投与されながら機械的管理の下、登録番号で呼ばれながらさまざまな作業に従事していた。しかしTHX-1138と女性のルーム・メイト、LUH-3417は抑制剤の投与をしない日々を続けてしまい、次第に“人を愛する感情”が目覚め、この世界では禁止されている肉体関係を交わしてしまう。とある出来事からコンピュータに肉体関係を持ったことを知られてしまい、THXは投獄されてしまう。THXはLUHに会うために、脱獄を決意するのだが…。
ある地方都市、中学2年生の雄一は、同じ剣道部である星野と親友になる。星野は優等生であり、周りからはあまり好まれる存在ではなかった。そんなある日、雄一と星野は周りの仲間ともに金を盗み、沖縄旅行に出かける。その中で、星野は「死」に直面し、豹変していくのだった。その後、雄一は星野のイジメの対象となり、命じられるまま、犯罪にも手を染めるようになる。そんな雄一の心の支えとなるのは、カリスマ的人気を誇るリリィ・シュシュ、そして密かに思いを寄せる同級生の久野だったのだが…。